Dalam implementasi aplikasi SIA (Sistem Informasi Akuntansi), terdapat ancaman-ancaman yang dapat mengganggu Sistem Informasi Akuntansi dalam pelaksanaannya.

Jenis-jenis ancaman Sistem Informasi Akuntansi adalah

1. Bencana Alam
   Bencana-bencana besar seperti Banjir, gempa bumi, badai, kebakaran dan lain-lain dapat menghancurkan perangkat komputer dan tentu saja dapat menghapus data-data Sistem Informasi Akuntansi yang dimiliki oleh Perusahaan.
   
2. Bencana Politik
   Faktor Politik antar Perusahaan membawa pengaruh cukup besar. Terutama untuk Perusahaan pesaing. Sistem Informasi Akuntansi perusahaan bisa diserang oleh teroris yang merupakan lawan politik dari perusahaan
   
3. Kerusakan perangkat keras
   Perangkat keras perlu dilakukan pemeliharaan. Hardisk bisa saja tiba-tiba rusak sehingga semua data hilang dan menghapus data transaksi Sistem Informasi Akuntansi.
   
4. Kerusakan perangkat lunak
   Aplikasi bisa saja tiba-tiba terkena virus dan menyebabkan aplikasi Sistem Informasi Akuntansi tidak dapat diakses, situasi dan kondisi ini tentu saja dapat merugikan pihak Perusahaan.
   
5. Ketidaksengajaan manusia
   Faktor Human error merupakan faktor yang bisa saja terjadi.  Ada kemungkinan petugas salah input nilai ke dalam aplikasi karena tidak hati-hatinya karyawan memasukkan data transaksi.
   
6. Ketidaksengajaan aplikasi
   Kondisi ini bisa saja terjadi. Meskipun sudah diprogram sebaik-baiknya, mungkin saja ada bug kesalahan logika pemrograman yang dapat menyebabkan timbulnya permasalahan pada Aplikasi perusahaan yang dijalankan.
   
7. Aktivitas kriminal
   Sikon ini merupakan bagian yang perlu diperhatikan. Ini biasanya dilakukan oleh orang yang mengerti celah dalam keamanan teknis atau mengerti celah dari sistem prosedur Sistem Informasi Akuntansi. Orang-orang tersebut bisa saja berasal dari Orang-orang dalam perusahaan

Perusahaan perlu untuk memikirkan cara-cara untuk menangkis setiap serangan, menyelamatkan Sistem Informasi Akuntansi dan tentu saja memastikan semua proses bisnis perusahaan dapat berjalan dengan baik dan lancar