Penerapan teknologi Big Data membawa keuntungan-keuntungan bagi tujuan dan performa organisasi, pemerintahan maupun perusahaan swasta. Tantangan dalam menerapkan Big Data di Indonesia diantaranya adalah sebagai berikut:

1. Ketersediaan Data Salah satu kunci untuk melakukan analisis Big Data tentu ketersediaan data. Akses terhadap data. Di Indonesia, data untuk berbagai jenis kebutuhan sudah tersedia dan banyak, namun sumbernya tersebar sehingga dibutuhkan usaha lebih untuk mendapatkan data terpadu secara nasional. Maka prinsip Sharing Data bahkan Open Data diperlukan. Keamanan dalam sharing data tentulah rawan terhadap serangan siber. Oleh karena itu perlu diperhatikan dalam pemanfaatan data tersebut. Semakin tahun data yang tersedia akan semakin meningkat sehingga perlu diperhatikan infrastuktur, penyimpanan, kerahasiaan dan keamanan data yang tersimpan. Banyaknya pengguna membutuhkan penyimpanan yang besar dalam mengelola data tersebut yang semakin tahun akan semakin meningkat. Hal tersebut merupakan salah satu tantangan dalam mensiasati keamanan big data baik data pengguna maupun data lainnya yang dapat dimanfaatkan pihak yang tidak berwenang untuk kepentingan tertentu sehingga penggunaan bigdata tersebut masih sangatlah rawan terhadap serangan siber.

2. Standarisasi pemerintahan Dengan adanya standarisasi data pemerintah dapat dilanjutkan dengan integrasi data antar instansi untuk efisiensi dan mencegah redundansi. Misalnya untuk membuat SIM maupun untuk registrasi suatu sistem yang memerlukan validasi nomor kependudukan seseorang maka pemanfaatan big data bisa dilakukan dengan sharing data yang ada pada sistem kependudukan sehingga data yang diambil terpusat dalam satu sumber.

3. Keamanan data Pemantauan keamanan real time selalu menjadi tantangan mengingat jumlah tanda yang dihasilkan oleh perangkat (Security). Tanda ini (berkorelasi atau tidak) menyebabkan banyak false positif, yang sebagian besar diabaikan atau hanya -clicked away?, sebagai manusia tidak bisa mengatasi dengan jumlah geser. Masalah ini bahkan mungkin meningkat dengan data tawaran yang diberikan volume dan kecepatan data stream. Namun, teknologi big data mungkin juga memberikan kesempatan, dalam arti bahwa teknologi ini tidak memungkinkan untuk pengolahan cepat dan analisis dari berbagai jenis data. Keamanan data yang besar merupakan hal sangat penting. Jika kita ingin sistem dikatakan "aman", big data harus memenuhi persyaratan keamanan data, diantaranya: a) Kerahasiaan: Ini berarti sarana untuk melindungi data dari pengungkapan yang tidak disetujui. b) Integrity: Ini menyiratkan tindakan yang diambil untuk melindungi data agar tidak dimodifikasi dengan tidak semestinya atau tanpa izin. c) Ketersediaan: Ini adalah kemampuan sistem untuk mencegah dan memulihkan perangkat keras atau hardware serta kegagalan perangkat lunak atau software yang mungkin menyebabkan sistem basis data atau database tidak tersedia dengan baik dan efisien.

4. Kompetensi SDM Dalam memanfaatkan big data pemerintahan, organisasi, maupun perusahaan harus memiliki sumber daya manusia atau SDM yang kompeten dalam bidang analitik data, memiliki kemampuan pemrograman yang tinggi, memiliki kemampuan miliki kreativitas dan inovasi terhadap perkembangan teknologi informasi. Sehingga dalam menerapkan atau mengimplementasikan big data ketika terjadi serangan siber yang tidak diinginkan tim SDM Teknologi Informasi mampu menganalisa dan mengatasi permalsahan yang muncul dengan cepat dan efektif.

5. Infrastruktur penunjang Selain infrastruktur inti dalam upaya penerapan teknologi big data, pemerintah, organisasi dan perusahaan juga harus menyediakan infrastruktur penunjang. Semua perangkat analisis Big Data yang beredar di pasar dapat dipakai oleh pemerintah. Pemerintah dapat menggunakan tools Big Data dari pihak ketiga yang telah disesuaikan dengan kebutuhan, maupun membangun dan memelihara sendiri sistem Big Data yang dibutuhkan. Perhitungan cost benefit analysis terhadap kedua pilihan tersebut perlu dilakukan sesuai dengan tujuan penggunaannya. Sehingga diharapkan dengan pemanfaatan infrastruktur penunjang teknologi dari Big Data yang tepat guna dapat mendukung proses bisnis yang ada menjadi jauh lebih baik terutama dalam proses pengambil informasi, knowledge dan wisdom guna mendukung dalam pengambil keputusan pada suatu organisasi tertentu baik itu profit maupun non-profit, baik itu swasta maupun pemerintah.

Manfaat penggunaan Big Data:

1)      Peluang dan pemanfaatan Big data sangat potensial diberbagai sektor, organisasi dan perusahaan di Indonesia dengan memperhatikan berbagai aspek keamanan siber dan infrastuktur jaringan sehingga penggunaan bigdata bisa didesain dan diimplementasikan dengan lebih efektif dan tepat untuk mencapai sasaran. 2) Setiap konsep teknologi yang canggih memiliki beberapa celah. Big Data juga memiliki beberapa bentuk masalah privasi dan keamanan. Big Data bisa diamankan hanya dengan mengamankan

2)      Semua komponen. Sebagai data besar yang memiliki ukuran yang besar, banyak solusi kuat harus diperkenalkan dalam rangka untuk mengamankan setiap bagian dari infrastruktur yang terlibat. Penyimpanan data harus diamankan untuk memastikan bahwa tidak ada kebocoran di dalamnya. Perlindungan secara terus menerus (real-time) harus diaktifkan selama menyimpan data tersebut sehingga privasi kemanan data dapat dipastikan selalu dalam kondisi aman. 3) Kemanan siber dapat terjamin jika ada keterlibatan dan sinergitas semua pihak. Keamanan siber dapat terselenggara jika ada sinergitas pihak terkait yang memanfaatkan big data. sehingga dapat mendukung terlaksananya sistem yang diimplemantasikan.